Управление школы осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности (п. 5.1. Устава МКОУ СОШ с. Непа).
Директор осуществляет текущее руководство деятельностью школы в соответствии с действующим законодательством. Основной функцией директора школы является управление жизнедеятельностью образовательной организации и координация действий всех участников образовательных отношений.
С целью привлечения педагогической общественности к участию управлении школой создан постоянно действующий орган управления – педагогический совет (п. 5.6. – 5.7. Устава МКОУ СОШ с. Непа).
С целью привлечения всего трудового коллектива к участию в управлении школой создано общее собрание работников трудового коллектива (п. 5.8. Устава МКОУ СОШ с. Непа).
Для осуществления учебно-методической и воспитательной работы в школе созданы методический совет и методическое объединение классных руководителей. Методический совет действует в соответствии с Положением о методическом совете, утвержденным приказом директора школы от 30.08.2018 г. № 73-О, является консультативным органом, обеспечивающим организацию систематической, планомерной работы, позволяющей заниматься деятельностью, направленной на повышение уровня организации образовательной деятельности.
Методическое объединение классных руководителей действует в соответствии с Положением о методическом объединении классных руководителей МКОУ СОШ с. Непа, утвержденным приказом директора школы от 28.08.2020 г. № 56-О и является структурным подразделением методической службы МКОУ СОШ с. Непа, осуществляющим проведение учебно-воспитательной, методической и внеклассной работы, координирующее методическую и организационную работу классных руководителей.
С целью привлечения родительской общественности к участию в управлении школой для решения стратегических и других вопросов развития создан родительский комитет школы, который помогает вносить в жизнь школы изменения и коррективы (п. 5.9. Устава МКОУ СОШ с. Непа).
С целью учета мнения обучающихся в школе действуют орган ученического самоуправления «Школьная Республика» (п. 5.9.1. Устава МКОУ СОШ с. Непа). Организацией школьного самоуправления занимаются самые активные обучающиеся школы, которые входят в состав ОУС «Школьная Республика».